自建院以來，學院建立健全了科研管理體制，投資建設了公共大型儀器平台，引進了高水平研究隊伍，促進多學科多方向科學研究的快速發展。我院發育生物學學科研究方向有植物花青素合成機制、自交不親和分子機制、轉基因動物和幹細胞、動物器官發育機制研究等；細胞生物學學科有植物基因工程、細胞工程與利用研究等；遺傳學科有林木遺傳，生理生态遺傳研究等；微生物學科有真菌系統學及應用，污染物降解微生物研究等；生物化學與分子生物學學科有植物耐鹽/抗鹽機理研究、鹽堿植被恢複與重建等方向研究。

學院承擔國家、省部級重大科研項目的能力和競争實力逐年提升。近3年來，學院教師獲得國家科技基礎資源調查專項1項，國家自然科學基金項目16項，省自然基金14項，在研項目總計近100項，總經費達3500萬元；近3年學院教師發表科研論文300餘篇，其中SCI收錄194篇；已獲知識産權13項，其中授權發明專利7項，實用新型專利3項，外觀設計專利1項，軟件著作權2項。

學院的多項科研成果進行了轉化與應用。完成了7大類180餘份花卉種質資源鑒定保存；培育出具有自主知識産權、性狀遺傳穩定的耐寒、抗旱、抗鹽堿的優質花卉新品種12個，并獲得省級品種證書。建立并篩選了高白桦三萜含量的單細胞培養體系，明确了白桦三萜高産栽培條件，利用基因工程手段對白桦三萜代謝途徑關鍵酶基因進行了克隆及改造。獲得高産漆酶菌株，提高了疣孢漆斑菌FTL01産漆酶活力，制定了完整的産業化生産工藝，目前已利用實驗室設備完成中試。采用基因工程技術培育出具有自主産權的高效、适應性強的低溫降解菌，提出适于我國北方地區石油污染土壤電動輔助微生物修複的技術規程。篩選出适宜西部脆弱生态區種植的樹種和草種，通過配套技術研究，建立了不同土地條件的植被恢複技術；發現通過豆科和非豆科植物混種和間種可以緩解石油污染。利用生物反應器技術進行規模化生産珍貴藥用植物已經進入噸級放大階段，獲得多項專利；纖維素酶産業化項目關鍵技術已取得突破，即将進入中試。